El tratamiento de esta enfermedad es siempre quirúrgico, no siendo recomendable su demora basándose en la toma de antibióticos o antiinflamatorios por el riesgo de progresión y propagación de la infección. Es una operación de urgencia, en la cual se hace una incisión en la piel cerca del ano y se drena el pus para aliviar el dolor. Se realiza en quirófano con anestesia regional para que se duerma de la cintura hacia abajo.

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En caso de la aparición secundaria de formaciones fistulosas, (lo cual puede ocurrir hasta 50% de los casos) el tratamiento quirúrgico puede ser más o menos complicado en función de la localización de la fístula. Debe hacerse de manera electiva y previo estudio y localización de los trayectos fistulosos para proceder a su completa extirpación, con el objeto de no lesionar estructuras musculares, con el riesgo de incontinencia que ello conllevarían. 

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En general la mayoría de la gente tolera muy bien este tipo de cirugía para estar en casa, ya que  se puede operar y ese mismo día se da de alta o al día siguiente, solo necesitas a alguien que valla contigo y te acompañe al egreso.